Ethan Burke è un agente dei servizi segreti che si risveglia in un ospedale dopo un incidente d'auto. Burke si trova nella cittadina di Wayward Pines dove si era recato per indagare sulla scomparsa di due suoi colleghi, una delle quali era la sua amante. Burke capisce subito che c'è qualcosa di strano in questa situazione e tenta di andare via dalla cittadina ma scopre di essere intrappolato in un incubo.
